本作有四个结局，分别是八百万神路线（chaos）、维护秩序路线（law）、破坏王座路线（neutral）和创造没有神魔的世界（true），除了真结局路线以外流程中的任务对话基本不影响剧情分歧，在打败梅塔特隆、进入至高天之后通过路西法的天之声可以选择分歧，建议打完梅塔特隆之后存个档。
游戏过程中的行为虽然不影响最终的路线分歧，但会对一些限定要素产生影响，具体影响在下面介绍。
各路线限定要素
必须守护神的秩序（law） 亚必迭 太宰一郎
限定任务
限定神意
限定仲魔：大天使 90 米迦勒、女神 83 马利亚
必须拯救东京而创世（chaos） 月读 敦田结线
限定任务
限定神意
限定仲魔：魔王 92 贝利亚、地母神 87 伊南娜、圣兽 40 早太郎
破坏王座（neutral） 女娲 八云翔平
限定任务
限定仲魔：地母神 93 达娜
真结局的进入方式
进入真结局主要有两个条件，一是在进入至高天、选择路线之前完成三个任务；二是在进入至高天选择路线的时候，选择破坏王座的路线。任务的完成状态通过转生之后在二周目会保留下来，我个人完全没做过支线也可以触发真结局。
也有一些说法是要赞同八云女娲留人不留神的说法才能触发真结局，但这个我没有测试过，姑且作为参考在这里提一句。
三个任务及这三个任务的前置任务如下：
・芬恩 麦克库尔的决心
1、送给心仪的她
2、收集曼陀罗的根
3、被掳走的伊登
4、如雨露般
・拉的继承
1、隼鹰头
2、打探埃及分布的情况（不能杀死孔斯）
3、有翼太阳争夺战
需要注意的是在进行第二个任务的时候一定不能杀死孔斯，否则第三个任务中孔斯不会出现，最后的任务也不会出现。
・阻止宇宙被破坏吧
打败婆苏吉之后，从边上的传送门进去就可以看到湿婆。湿婆等级有96级，进去打不过的话也不要先去至高天练级，否则可能会无法完成真结局。
马利亚任务分歧
这三个任务在至高天触发，但要求玩家的恶魔全书完成度达到75%以上。满足条件的时候能够从索菲亚那里获得一颗生命的种子，在持有生命的种子的情况下与至高天的马利亚对话后可以触发任务。根据路线的选择，将分别与马利亚（law）、伊南娜（chaos）和达娜（neutral）战斗，胜利之后解锁对应仲魔的合成。
贝利亚 米迦勒任务
这两个任务和一直以来的law chaos二者择一任务一样，做了一个就不能做另一个。只不过米迦勒任务和贝利亚任务在结局分歧之前就已经确定下来了。
首先要在台东区前往万古神殿的路上完成默瑟基德给的任务，之后根据玩家进入至高天时的选择而发生变化。
选择law路线的话，在进入至高天之后可以和地图右下角的默基瑟德对话，它会告诉你米迦勒在万古神殿和梅塔特隆战斗的那个地方等你。
但如果你的倾向是chaos的话，那么需要捐赠660000魔货才能和米迦勒见面；反之如果倾向是law但选择了chaos路线的话，在同样的地方可以找到奈比洛斯，但需要支付660000魔货才能和贝利亚在魔王城打败亚略的地方见面。
完成任务之后，任务委托者会成为仲魔并解锁合体。
限定神意
在law倾向的时候选择law路线，在进入至高天之后多绪就会赠送限定神意；在chaos倾向的时候选择chaos路线则获得；破坏王座路线则不能获得限定神意。
如何判断 改变自己目前的倾向？
通过龙脉传送到东京之后，来到大地图，观察自己的光标。如果是顺时针旋转的话，那么就是law路线、逆时针旋转则是chaos路线、不旋转则是neutral路线。
根据测试改变倾向应该只和4组支线任务有关，每个支线任务都是二择一的选项，大部分人应该都有印象。
港区：
品川区：
千代田区：
台东区：
倾向能够通过二周目转生继承
